Tepelné čerpadlá systému zem-voda odoberajú energiu zo spodnej vody.
Pokiaľ je k dispozícii ľahko prístupná spodná voda, je možné ju využiť ako zdroje tepla, pretože jej teplota sa udržiava počas celého roka medzi 7 a 12 °C. Neodporúčame však čerpať vodu na účely vykurovania jednogeneračných a dvojgeneračných rodinných domov z hĺbky väčšej ako 15 m. Potom sa už toto riešenie stáva neúmerne nákladným.
Je potrebné dodržať vzdialenosť 10 až 15 m medzi sacou studňou a vsakovacou studňou a ďalej je potrebné posúdiť smer toku spodnej vody, aby nedošlo k tzv. „skratovaniu prietoku vody“. Táto inštalácia vyžaduje povolenie a musí spĺňať príslušné predpisy. Získať povolenie však nie je pre spotrebiče NIBE problém, pretože firma NIBE je certifikovaná podľa ISO 14001 (šetrnosť výroby k životnému prostrediu). Optimálnu ochranu podľa §7 MWG dosiahneme použitím vloženého výmenníka medzi okruhom spodnej vody a tepelným čerpadlom.